公司控股股东——中国核工业集团有限公司拥有完整的核科技工业体系，包括天然铀的探、采及核燃料制造、核电技术研发、工程建设总包，到整个核燃料循环及后端的放射性废物处理处置等，这不仅是公司发展的坚强后盾，也为提升产业链整体价值提供了可能。
2021年7月，公司收到《关于集团公司所持中核科技股权无偿划转的告知函》，公司控股股东中国核工业集团有限公司(简称中核集团)拟将其所直接持有无限售条件流通股35,753,819股(占公司总股本的9.25%),股权无偿划转至上海中核浦原有限公司(简称中核浦原)持有。中核浦原为中核集团的全资子公司，是中核集团以装备制造为核心主业的专业化公司。本次股权无偿划转完成后，中核浦原为公司控股股东，实际控制人仍为中核集团。