2019年1月10日，国家税务总局启东市税务局第一税务分局核查发现南通科捷存在以下违法违规事实：1、未按照规定保存、报送开具所属期2018年11月1日至2018年11月30日发票数据；2、遗失金税盘；3、未按照规定期限办理所属期2018年7月1日至2018年11月30日增值税【商业（17%、6%）1企业所得税、印花税、个人所得税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加的申报事项。国家税务总局启东市税务局第一税务分局针对上述事项分别出具了启税一分简罚（2019）31号、启税一分简罚（2019）33号、启税一分简罚（2019）32号处罚通知书，针对以上事项分别罚款0.07万元、0.02万元和0.07万元，上述罚款已及时足额缴纳。2019年5月22日，国家税务总局启东市税务局针对上述三项事实出具证明确认：“以上违法违章行为均已处理完毕，不属于重大违法行为，我局据此作出的行政处罚不属于重大行政处罚。除此之外，截至本证明出具之日，金税三期系统内未发现该公司其他税收违法违章行为的记录和欠税信息”。