单细胞测序技术解决了细胞异质性问题，极大地提升我们对生命系统认知的分辨率，已经成为生命科学研究的常规手段。华大智造单细胞平台在科研应用方面已经积累了一定的实践基础，涵盖多个研究和应用领域，如肿瘤研究、细胞图谱绘制、脑科学等。
截至目前，基于华大智造单细胞DNBelab C系列产品（3’RNA及ATAC），累计发表SCI论文65篇。其中，2022年发表36篇（包含2篇Nature主刊文章），2023年发表21篇（包括2篇Cell主刊文章），2024年2篇，累计影响因子超过1000分，是国产单细胞平台中可以在Nature、Science和Cell（简称CNS）主刊上发表多篇科研论文的平台。
华大智造的单细胞平台在科研应用方面涵盖广泛领域，尤其在肿瘤研究、细胞图谱绘制、脑科学、免疫学等领域贡献突出。文章研究的物种，除了最多的人和鼠分别占比33.8%和22.1%外，还涉及其他14个物种的研究（如猴、斑马鱼、蚂蚁、拟南芥等）。文章不止涉及单组学（RNA或ATAC）应用，还涉及多组学联合分析，包括多组学单细胞技术DNBelab C-3’RNA和DNBelab C-ATAC联合分析的文章有9篇，DNBelab C-3’RNA和时空组学技术Stereo-seq联合分析的文章8篇，相关研究具有多模态化、精细化、立体化的趋势，表明DNBelab C系列产品在单细胞领域的科研中发挥了关键作用，助力科学家们在相关科研领域的深入探索。
创新智造工具助力单细胞组学
进入标准化、规模化时代
华大智造自2019年推出国内首个DNBelab C4单细胞便携式平台以来，已经成功推出了三代单细胞3’RNA建库试剂盒产品。目前，第四代单细胞3’RNA-V3.0产品正在接受合作伙伴的试用，并已收获了广泛的好评，最新版本的产品是经过五年的精心研发和改进，采用了独特的多磁珠捕获细胞系统，性能卓越。
该产品的捕获效率稳定在50%以上，不使用样本标签情况下最多单张载片可以捕获2万个细胞，使用样本标签产品标记可进行混样测序，最多单通道可以捕获4.5万个细胞，以人类外周血单核细胞(PBMC)和小鼠脑细胞核样本为例，两个样本类型的平均每个细胞基因中位数检均可以达到2000个以上；这些突破性的优化，标志着华大智造在单细胞领域的技术和应用已达到新的高度，为生物医学研究提供了强大的工具，尤其在精准医疗和复杂生物系统的研究中展现出巨大的潜力。
人PBMC，投入细胞20,000，基因中位数2763个
小鼠脑细胞核，投入细胞核20,000，基因中位数2657个
此外华大智造在单细胞组学建库产品上还布局了单细胞ATAC建库试剂盒，单细胞CUT Tag建库试剂盒，在硬件上基于液滴微流控技术推出了便携的C4系统和独立多通道的TaiM 4(泰山)单细胞液滴生成仪器可供选择；
便携C4和独立多通道TaiM 4、单细胞建库试剂盒
华大智造凭借具备原材料生产及加工的规模化能力，极大的降低了单细胞测序技术的成本，使得科研学者都能够更低门槛的进入单细胞研究时代，加上华大智造的高通量测序、自动化样本处理和建库、BIT数据处理产品的布局和华大时空组学的领先技术，对于细胞组学的布局形成了完整、全面的一站式平台和实验室前沿技术方案，促进更多科研学者能够规模化和标准化的产出单细胞数据。
MGI全流程单细胞产品
DCS多组学实验室
此外，华大智造注重单细胞测序技术普及应用的生态链建设，2023年新增哈尔滨星云生物信息技术有限公司、武汉爱基百客生物科技有限公司和华智生物技术有限公司三家认证服务商，国内累计完成认证的单细胞DNBelab C系列产品服务的公司达到12家。
2023年新增的三家单细胞DNBelab C系列产品认证服务商
2023年
基于华大智造DNBelab C系列
单细胞平台发表的科研论文
1. Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in macaque cortex
DOI：https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.06.009
期刊：Cell（IF=64.5）
发表单位：中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心、深圳华大生命科学研究院等单位
研究对象：食蟹猴大脑，snRNA—1,493,240 nucleus，stereo-seq—161张切片
使用技术或方法：组织包埋和切片，免疫组化染色，RNA原位杂交，stereo-seq，DNBelab C sn3''RNA
测序平台：DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○建立了一个全面完整的食蟹猴大脑皮层细胞类型分类方法；
○利用Stereo-seq技术，揭示了264种细胞类型在大脑皮层中的全局分布，并标定了每种细胞类型的特异性标记基因；
○研究发现，不同细胞类型在大脑区域中的密度、组成以及与大脑皮层层级的关系各异；
○通过跨物种分析，发现灵长类特有的细胞类型主要在大脑的第四层富集，提供了对灵长类大脑结构和功能的深入理解。
2. Live birth of chimeric monkey with high contribution from embryonic stem cells
DOI：https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.10.005
期刊：Cell（IF=64.5）
发表单位：中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心、上海脑科学与类脑研究中心等多家单位合作
研究对象：食蟹猴的胚胎干细胞、PBMC、大脑，心脏、肝脏、骨髓、睾丸，snRNA—50,812 nucleus，scRNA—5,230 cells
使用技术或方法：畸胎瘤形成，体外胚胎培养，胚胎移植，免疫荧光和AP染色，RT-qPCR，线粒体代谢，STR、SNR和核型分析，流式细胞术，DNBelab C sc3''RNA和sn3''RNA，Smartseq2单细胞技术，WGS、甲基化、RNA高通量测序
测序平台：BGISEQ-500、DNBSEQ-T7、DNBSEQ-Tx、ABI PRISM 3730、NovaSeq 6000
文章研究亮点：
○对猴子不同多能性状态下胚胎干细胞进行了综合表征。
○优化了嵌合体培养流程，提高了胚胎干细胞在寄主胚胎的渗透率。
○建立了严格的评价体系，成功获得了高比例胚胎干细胞贡献的嵌合体猴。
○猴子胚胎干细胞在嵌合体猴子中可以分化成生殖细胞和胎盘。
3. An invasive zone in human liver cancer identified by Stereo-seq promotes hepatocyte-tumor cell crosstalk, local immunosuppression and tumor progression
DOI：https://doi.org/10.1038/s41422-023-00831-1
期刊：Cell Research（IF=46.297）
发表单位：中华精准医学中心、深圳华大生命科学研究院等多家单位
研究对象：人类肝癌及肝癌旁，snRNA—33,111 nucleus，stereo-seq—98张切片
使用技术或方法：IF和IHC染色，流式细胞术，ELISA，Stereo-seq，DNBelab C sn3''RNA，Bulk RNA seq
测序平台：DNBSEQ-Tx、NovaSeq 6000
文章研究亮点：
○揭示了人类原发性肝癌T、P、M及正常或转移性LN的空间转录异质性；
○确定了肿瘤侵袭边界周围存在免疫抑制微环境，且免疫细胞在此区域显著富集；
○发现侵袭区域JAK-STAT3激活诱导受损肝细胞亚型SAAs的高表达；
○ SAA+肝细胞亚型有助于巨噬细胞的募集和M2极化，从而影响肿瘤发展。
4. A single-cell atlas of West African lungfish respiratory system reveals evolutionary adaptations to terrestrialization
DOI：https://doi.org/10.1038/s41467-023-41309-3
期刊：Nature Communications（IF=17.694）
发表单位：中国科学院大学、哥本哈根大学等单位
研究对象：肺鱼鳃、肺，scRNA—140,952 cells
使用技术或方法：FISH，DNBelab C sc3''RNA，10x Genomics sc3''RNA
测序平台：MGISEQ-2000、DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○揭示了在淡水和陆地化条件下西非肺鱼肺部和鳃部的单细胞转录谱；
○在非洲肺鱼适应陆地化过程中，即使在短期夏眠时，细胞类型保持不变，呼吸相关的肺和鳃细胞的代谢活动下调；
○通过跨物种比较分析，发现肺鱼的肺和高等哺乳动物呼吸器官在细胞组成和关键基因方面具有同源性。
5. Interferon stimulated immun epro?le changes in a humanized mouse model of HBV infection
DOI：https://doi.org/10.1038/s41467-023-43078-5
期刊：Nature Communications（IF=17.694）
发表单位：广州医科大学附属市八医院、中科院生物物理研究所等单位
研究对象：小鼠PBMC、心脏、肝脏、脾脏、肺、肾、肌肉、脑
使用技术或方法：质粒构建，CRISPR/Cas9，流式细胞术，DNBelab C sc3''RNA，Bulk RNA seq
测序平台：MGISEQ-2000，DNBSEQ-T7，NovaSeq 6000
文章研究亮点：
○利用CRISPR/Cas9技术成功建立了能真实模拟人类体内干扰素反应的人源受体小鼠模型；
○发现Peg-IFNα2对huIFNAR小鼠PBMCs的免疫激活反应与人类PBMCs中的反应相似；
○全面描绘了在人类干扰素刺激下，多个器官的转录组反应图谱；
○人用Peg-IFNα2治疗能显著降低HuIFNAR小鼠的HBsAg水平。
6. GDF11 slows excitatory neuronal senescence and brain ageing by repressing p21
DOI：https://doi.org/10.1038/s41467-023-43292-1
期刊：Nature Communications（IF=17.694）
发表单位：浙江大学医学院与附属邵逸夫医院、复旦大学脑科学转化研究院等单位
研究对象：小鼠、狨猴、人的脑，snRNA—24,803 nucleus
使用技术或方法：OFT、PAT、NORT、EPM、3CT、TST测试，质粒构建，CRISPR/Cas9，ChIP-qPCRC，SA-β-Gal、免疫荧光、免疫组织化学染色，透射、免疫电镜，DNBelab C sn3''RNA，Bulk RNA seq
测序平台：DNBSEQ-Tx，DNBSEQ-T7，NovaSeq 6000
文章研究亮点：
○确认了生长分化因子11（GDF11）在中枢神经系统特别是兴奋性神经元中的高度特异性表达，并且发现GDF11的表达模式在小鼠、狨猴和人类大脑中具有显著的保守性；
○局部以及全脑水平上敲除兴奋性神经元中的GDF11会减弱小鼠的认知和记忆功能，表明GDF11在神经功能维持中扮演重要角色；
○ GDF11的敲除导致pSmad2和Smad3的上调，进而促进p21表达的增加，这一过程可能诱导细胞进入衰老状态；
○ GDF11能够通过抑制p21的表达，延缓兴奋性神经元和大脑的衰老过程，改善认知功能的老化，并维持小鼠的寿命。这一发现为理解大脑衰老机制和寻找潜在的抗衰老治疗策略提供了重要线索。
7. Single cell multi-omics reveal intra-cell-line heterogeneity across human cancer cell lines
DOI：https://doi.org/10.1038/s41467-023-43991-9
期刊：Nature Communications（IF=17.694）
发表单位：南方科技大学，深圳华大生命科学研究院等单位
研究对象：40种人的癌细胞系，scRNA—23,089 cells，scATAC—54,597 cells
使用技术或方法：病毒包装和转导，DNBelab C sc3''RNA，DNBelab C scATAC，Bulk RNA seq
文章研究亮点：
○通过单细胞转录组和表观基因组测序揭示了癌症细胞系内的基因调控网络异质性，这一发现有助于理解癌症细胞内的复杂生物学特性；
○分析了单细胞转录组与表观基因组之间的相互作用，这对于理解细胞状态和基因调控网络至关重要；
○观察到细胞系增殖过程中的转录动态变化，为研究癌症细胞的增殖机制提供了新的视角；
○发现低氧环境能够驱动癌症细胞异质性的响应，这对于研究肿瘤微环境中的细胞行为具有重要意义。
8. Single-cell multi-omics analysis of human testicular germ cell tumor reveals its molecular features and microenvironment
DOI：https://doi.org/10.1038/s41467-023-44305-9
期刊：Nature Communications（IF=17.694）
发表单位：中国科学院动物研究所,中信湘雅,北医三院等单位
研究对象：人的睾丸、PBMC，scRNA—21,489 cells，scATAC—24, 005 cells；
使用技术或方法：免疫荧光、免疫组织化学染色，细胞迁移、侵袭，流式细胞术，10X sc3''RNA，DNBelab C scATAC，CUT Tag，10X Visium；
测序平台：DNBSEQ-Tx，NovaSeq 6000；
文章研究亮点：
○成功确定了精原细胞瘤和原始生殖细胞之间的共有关键基因表达程序。这一发现为理解这两种细胞类型的生物学特性提供了新的视角；
○在肿瘤微环境（TME）中鉴定了15种不同的免疫细胞亚型，并结合空间转录组学研究，发现具有耗竭特征的免疫细胞亚型更倾向于位于靠近肿瘤区域的位置。这对于理解免疫细胞在肿瘤微环境中的分布和功能具有重要意义；
○对转录因子TFAP2C在促进肿瘤侵袭和转移中的功能进行了深入表征。这一研究为肿瘤的治疗策略提供了可能的新靶点；
○建立了原位人类精原细胞瘤微环境的多组学图谱，这一成果为理解精原细胞瘤的微环境复杂性提供了宝贵的数据资源。
9. Cancer-associated fibroblasts undergoing neoadjuvant chemotherapy suppress rectal cancer revealed by single-cell and spatial transcriptomics
DOI：https://doi.org/10.1038/s41422-023-00831-1
期刊：Cell Reports Medicine（IF=14.3）
发表单位：中山大学附属第六医院、华南理工大学等单位
研究对象：人直肠癌，scRNA—33,3285 cells，stereo-seq—4+切片
使用技术或方法：DNBelab C sc3''RNA，stereo-seq
测序平台：DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○新辅助化疗对癌症相关成纤维细胞（CAFs）群体的重塑与治疗反应密切相关。这一发现对于理解化疗在癌症治疗中的作用机制具有重要意义；
○研究发现重塑后的癌相关成纤维细胞亚群能够通过空间上的招募和串联调节来激活免疫反应，并通过多种细胞因子来抑制肿瘤的进展；
○特别地，CAF_FAP通过MIR4435-2HG的诱导作用上调恶性细胞的上皮-间质转化（EMT），从而导致患者的预后恶化，这一结果为直肠癌的治疗提供了新的潜在靶点。
10. Stem cell competition driven by the Axin2-p53 axis controls brain size during murine development
DOI：https://doi.org/10.1016/j.devcel.2023.03.016
期刊：Developmental Cell（IF=13.417）
发表单位：中国科学院遗传与发育生物学研究所
研究对象：小鼠大脑，scRNA—18,951 cells
使用技术或方法：质粒构建，半乳糖苷酶、免疫组织化学染色，原位杂交，病毒包装和转导，Bulk RNA-seq，流式细胞术，蛋白印迹、免疫共沉淀，DNBelab C scRNA，Smart-seq2 ，Bulk RNA-seq；
测序平台：DNBSEQ-Tx，HiSeq2500
文章研究亮点：
○揭示了神经干细胞（NPC）之间存在内源性的细胞竞争现象。这一发现对于理解神经干细胞的生物学特性具有重要意义；
○发现在嵌合体环境中，Axin2缺失的干细胞会被清除，而p53突变的干细胞则会显著扩增，这一结果为理解干细胞竞争的分子机制提供了新的视角；
○证实了神经干细胞的竞争过程对于调节大脑的大小具有关键作用，这一发现对于探究大脑发育的调控机制具有重要的科学价值。
11. Single-nucleus chromatin landscapes during zebrafish early embryogenesis
DOI：https://doi.org/10.1038/s41597-023-02373-y
期刊：Scientific Data（IF=9.8）
发表单位：深圳华大生命科学研究院、华中农业大学等单位
研究对象：斑马鱼胚胎，scRNA—62,699 cells，scATAC—51,620cells
使用技术或方法：DNBelab C scATAC
测序平台：DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○成功建立了斑马鱼胚胎第一天发育过程中不同时间点的snATAC-seq图谱，这一图谱为研究早期胚胎发育提供了宝贵的基因调控信息；
○数据分析显示，snATAC-seq数据的基因活性评分与scRNA-seq数据的基因表达值之间存在良好的相关性，这一发现验证了snATAC-seq作为研究基因表达调控的有效工具。
12. A scATAC-seq atlas of chromatin accessibility in axolotl brain regions
DOI：https://doi.org/10.1038/s41597-023-02533-0
期刊：Scientific Data（IF=9.8）
发表单位：深圳华大生命科学研究院、南方医科大学
研究对象：蝾螈脑，scATAC—81,199 cells
使用技术或方法：DNBelab C scATAC
测序平台：DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○成功绘制了蝾螈大脑的scATAC-seq染色质可及性图谱，这一图谱为理解蝾螈大脑的遗传调控提供了宝贵的资源；
○通过scATAC-seq分析，揭示了每种细胞类型特有的独特的调节元件集；这一发现对于理解蝾螈大脑细胞特异性的基因调控具有重要意义。
13. Deciphering the distinct transcriptomic and gene regulatory map in adult macaque basal ganglia cells
DOI: https://doi.org/10.1093/gigascience/giad095
期刊：Giga Science（IF=9.2）
发表单位：深圳华大生命科学研究院
研究对象：食蟹猴脑，scRNA—101,431 cells，scATAC—170,608 cells
使用技术或方法：DNBelab C sc3''RNA，DNBelab C scATAC
测序平台：DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○利用scRNA和scATAC技术，分析了超过27万个单细胞的数据，构建了食蟹猴基底神经节的精细单细胞图谱；
○在基底神经节中，神经元细胞和非神经元细胞展现出明显不同的基因表达和表观遗传调控模式；
○鉴定了一组与神经退行性疾病相关的、在食蟹猴基底神经节特异性的星形胶质细胞；
○结合食蟹猴基底神经节细胞的表观遗传景观和人类疾病遗传学，确定了一个与精神分裂症相关的由顺式调节元件组成的调节模块。这一发现为理解与精神分裂症相关的基因调控机制提供了新的视角。
14. A single-cell transcriptome atlas of pig skin characterizes anatomical positional heterogeneity
DOI：https://doi.org/10.7554/eLife.86504
期刊：eLife（IF=8.713）
发表单位：四川农业大学等单位
研究对象：猪皮肤（头、耳朵、肩膀、背部、腹部和腿部），scRNA—233,715 cells
使用技术或方法：免疫荧光染色，DNBelab C sc3''RNA
测序平台：DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○构建了不同成化猪的6个解剖部位（头、耳、肩、背、腹、腿）的皮肤单细胞转录组图谱，这为研究皮肤生物学提供了全面的细胞水平数据；
○揭示了与解剖位置和品种相关的特异性基因表达模式，及其在皮肤免疫反应和细胞外基质（主要是胶原蛋白）合成中的生物学功能；
○发现猪皮肤在细胞类型组成和基因表达模式上与人类极为相似，表明猪皮肤可以作为研究人类皮肤的有效模型，尤其在单细胞水平的研究中具有重要价值。
15. Stemness-related genes revealed by single-cell profiling of na?ve and stimulated human CD34+ cells from CB and mPB
DOI：https://doi.org/10.1002/ctm2.1175
期刊：Clin. Transl. Med.（IF=8.554）
发表单位：中国科学院大学、深圳儿童医院等单位
研究对象：脐带血、动员外周血，scRNA—16,196 cells
使用技术或方法：磁珠富集细胞，流式细胞术，DNBelab C sc3''RNA
测序平台：DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○对人脐带血和动员外周血中的原始/体外培养CD34+细胞的转录组图谱进行了详细分析；
○使用Monocle软件绘制了所有细胞的分化轨迹，发现7个分支，其中大多数造血干细胞/多能前体细胞位于轨迹的尖端附近；
○ CS-SRG（脐带血特异性干细胞性相关基因）和CT-SRG（动员外周血特异性干细胞性相关基因）共享丰富的信号通路，动态蛋白质的翻译和加工可能是维持干细胞性的共同要求；
○使用CMap软件进行了针对CT-SRG的小规模药物筛查，发现葫芦素I能有效增强造血干细胞的体外扩增，同时保持其干细胞性，这一发现为造血干细胞的应用和治疗提供了新的可能性。
16. Single-cell and spatial transcriptomics reveal POSTN+ cancer-associated fibroblasts correlated with immune suppression and tumour progression in non-small cell lung cancer
DOI：https://doi.org/10.1002/ctm2.1515
期刊：Clin. Transl. Med.（IF=8.554）
发表单位：深圳北京大学深圳医院等单位
研究对象：人肺癌、肺癌旁、肺远端正常组织，scRNA—16,2 036 cells，stereo-seq—15+切片
使用技术或方法：IHC、mIHC染色，DNBelab C sc3''RNA，stereo-seq
测序平台：DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○发现在晚期非小细胞肺癌（NSCLC）中，POSTN+癌相关成纤维细胞（CAFs）富集，并展现出与细胞外基质重塑、肿瘤侵袭和免疫抑制相关的基因表达特征；
○ POSTN+ CAFs与SPP1+巨噬细胞紧密定位，并与耗尽表型的T细胞减少相关，提示这些细胞在肿瘤微环境中的相互作用和免疫抑制机制；
○ POSTN的表达以及POSTN+ CAFs被确定为非小细胞肺癌的重要预后因素，为肺癌的生物标志物研究和治疗靶点开发提供了新的线索。
17. Uncovering the prominent role of satellite cells in paravertebral muscle development and aging by single-nucleus RNA sequencing
DOI：https://doi.org/10.1016/j.gendis.2023.01.005
期刊：Genes Diseases（IF=7.376）
发表单位：香港大学深圳医院、青岛华大基因研究院等单位
研究对象：小鼠椎旁肌肉，scRNA—34,589 cells
使用技术或方法：DNBelab C sn3''RNA
测序平台：DNBSEQ-G400
文章研究亮点：
○成功构建了一个涵盖小鼠胚胎到老年各个阶段的椎旁肌肉单细胞转录组图谱。这为研究椎旁肌肉的发育和衰老提供了详细的细胞水平的洞见；
○结合69个公共数据集和本研究的数据，建立了一个骨骼肌单细胞数据库。这一数据库为研究骨骼肌的发育、功能和疾病提供了宝贵的资源。
18. Cell atlas of CCl4-induced progressive liver fibrosis reveals stage-specific responses
DOI：https://doi.org/10.24272/j.issn.2095-8137.2023.031
期刊：Zoological Research（IF=6.975）
发表单位：吉林大学、广州医科大学等单位
研究对象：小鼠肝脏，scRNA: 49,919 cells
使用技术或方法：免疫荧光、单分子荧光原位杂交和组织学染色，DNBelab C sn3''RNA
测序平台：DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○构建了四氯化碳诱导的小鼠逐渐发展的肝纤维化过程的动态单细胞核转录组图谱。这为理解肝纤维化的细胞机制提供了新的视角；
○揭示了在不同肝纤维化阶段肝星状细胞活化的分子路线图。这一发现对于理解肝星状细胞在肝纤维化中的关键作用至关重要；
○观察到在不同肝纤维化阶段血管生成反应的动态变化，增加了对肝脏病理过程中血管生成角色的理解；
○分析了进行性肝纤维化期间的细胞-细胞通信网络和特异性基因调控网络，这些网络对于开发新的治疗策略可能具有重要意义。
18. Cell atlas of CCl4-induced progressive liver fibrosis reveals stage-specific responses
DOI：https://doi.org/10.24272/j.issn.2095-8137.2023.031
期刊：Zoological Research（IF=6.975）
发表单位：吉林大学、广州医科大学等单位
研究对象：小鼠肝脏，scRNA: 49,919 cells
使用技术或方法：免疫荧光、单分子荧光原位杂交和组织学染色，DNBelab C sn3''RNA
测序平台：DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○构建了四氯化碳诱导的小鼠逐渐发展的肝纤维化过程的动态单细胞核转录组图谱。这为理解肝纤维化的细胞机制提供了新的视角；
○揭示了在不同肝纤维化阶段肝星状细胞活化的分子路线图。这一发现对于理解肝星状细胞在肝纤维化中的关键作用至关重要；
○观察到在不同肝纤维化阶段血管生成反应的动态变化，增加了对肝脏病理过程中血管生成角色的理解；
○分析了进行性肝纤维化期间的细胞-细胞通信网络和特异性基因调控网络，这些网络对于开发新的治疗策略可能具有重要意义。
19. Single-cell and spatiotemporal transcriptomic analyses reveal the effects of microorganisms on immunity and metabolism in the mouse liver
DOI：https://doi.org/10.1016/j.csbj.2023.06.020
期刊：Computational and Structural Biotechnology Journal（IF=6）
发表单位：深圳华大生命科学研究院、华中农业大学
研究对象：小鼠肝脏，scRNA—14,586 cells，snRNA—21,947 nucleus，Stereo-seq
使用技术或方法：DNBelab C sc3''RNA、sn3''RNA，stereo-seq，非靶向代谢组学，免疫荧光染色
测序平台：DNBSEQ-T7，DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○构建了无菌和特异性无病原体小鼠肝脏的详细单细胞和空间转录组图谱。这一研究为理解肝脏在微生物影响下的生物学变化提供了基础；
○利用Stereo-seq数据证实了微生物介导的Kupffer细胞在门脉周围区的积累现象。
○ Stereo-seq技术根据不同层级的基因表达水平，将肝小叶精确地划分为8层和3种模式，增加了对肝脏结构和功能的理解；
○通过肝脏的非靶向代谢实验发现，无菌小鼠的丙酸水平显著降低，这可能与胆汁酸和脂肪酸代谢相关基因的调控有关，提供了肠道微生物群与肝脏代谢相互作用的新见解。
20. Microbiota-Mediated Shaping of Mouse Spleen Structure and Immune Function Characterized by scRNA-seq and Stereo-seq
DOI：https://doi.org/10.1016/j.jgg.2023.04.012
期刊：Journal of Genetics and Genomics（IF=5.723）
发表单位：深圳华大生命科学研究院、中山大学等
研究对象：小鼠脾脏，scRNA—33,572 cells，stereo-seq—8~10切片
使用技术或方法：DNBelab C sc3''RNA，stereo-seq
测序平台：DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○使用无菌和特定病原体自由（SPF）小鼠的scRNA-seq数据集揭示了脾脏的多种免疫景观。这为理解脾脏的免疫功能提供了新的视角；
○显示了微生物群如何塑造小鼠脾脏的解剖结构和免疫功能。这一发现对于理解微生物群与宿主免疫系统的相互作用至关重要；
○发现缺乏微生物群的小鼠其脾脏分层结构出现紊乱，这揭示了微生物群在维持脾脏结构和功能稳定中的关键作用。
21. Single-cell chromatin accessibility profiling of cell-state-specific gene regulatory programs during mouse organogenesis
DOI：https://doi.org/10.3389/fnins.2023.1170355
期刊：Frontiers in Neuroscience（IF=4.3）
发表单位：杭州华大生命科学研究院
研究对象：小鼠胚胎，scATAC: 101,599 cells
使用技术或方法：DNBelab C scATAC，scATAC和scRNA、scRNA和stereo-seq数据整合分析
测序平台：DNBSEQ-T7，DNBSEQ-Tx
文章研究亮点：
○构建了小鼠体细胞发生过程中跨发育轨迹的动态单细胞ATAC（scATAC）景观，揭示了器官发生中重要的细胞类型特异性调控网络；
○特别关注了脊髓谱系中细胞类型特异性调控谱的特征，以及发育轨迹的重建。这为理解脊髓发育提供了新的视角；
○利用这些数据预测了胚胎发育过程中的细胞类型相关性状和潜在疾病联系，为未来研究提供了重要的基础。
附加：历年DNBelab C系列单细胞平台发表文章
