身处舆论漩涡的南京银行又卷入新的是非中。
7月13日，据红星新闻报道，有禹州新民生村镇银行的储户透露，他在追查钱款的流向时发现，南京银行（601009.SH）也在其中扮演了重要角色。在追查钱款的流向时，他发现，南京银行是禹州新民生银行的结算银行。
当日深夜，南京银行在官网发布《商业银行代理村镇银行资金清算业务说明》，回应代理村镇银行清算业务。
南京银行表示，村镇银行的资金清算都是通过有清算资格的商业银行代理的。商业银行代理村镇银行清算是根据《中国人民银行关于改善农村地区支付服务环境的指导意见》和《支付结算业务代理办法》规定依法合规开展，是一项常规的代理业务。在代理清算过程中，作为代理清算行的商业银行，负责清算指令的接收和按指令收付资金工作，只与被代理行和人民银行发生清算关系。
南京银行进一步举例称，比如，汇款人要将其在A银行的资金转给村镇银行，A银行受理后，将该笔资金转入A银行在人民银行开立的备付金账户，人民银行根据A银行的清算指令，将该笔资金转入村镇银行的代理清算行在人民银行开立的备付金账户，并通知代理清算行，代理清算行根据该指令，将该笔资金转给村镇银行。在资金转给村镇银行后，代理清算行的工作完成。
南京银行表示，商业银行代理村镇银行清算业务只作为资金清算通道，不承担资金风险。
近日，因行长突然辞职，万亿规模的南京银行成为舆论关注焦点。股价闪崩、券商首席分析师群聊发酵、启动新章，南京银行频频受到传言困扰。
对此，南京银行多次向市场强调公司经营管理一切正常，并“火速”报喜中期业绩。
7月3日，南京银行发布了2022年半年度业绩快报，是沪深两市第一家公布2022年上半年经营业绩快报的上市公司。
截至报告期末，南京银行的资产总额19146.22亿元，较年初增加1656.75亿元，增幅9.47%。今年上半年，南京银行实现营业收入235.32亿元，同比增幅16.28%；实现归属于上市公司股东的净利润101.50亿元，同比增幅20.06%。
资产质量方面，报告期内，南京银行持续加强风险管控，加大不良资产处置力度，资产质量主要指标保持稳定，风险抵补能力较为充足。截至今年6月末，南京银行的不良贷款率0.90%，较年初下降0.01个百分点；拨备覆盖率395.17%，保持基本稳定。
与此同时，南京银行还公布了包括董事长在内的20名董监高的增持计划。
其中，董事长胡升荣增持金额不少于50万元，7名副行长朱钢、周文凯、周洪生、刘恩奇、宋清松、江志纯、陈晓江拟增持金额不少于100万元、40万元、30万元、50万元、50万元、50万元、50万元。
7月13日，南京银行收跌2.52%报10.04元/股，现总市值1035亿元。
央行南京分行：南京银行代理清算业务与有关村镇银行案件无关联
据新华网7月14日报道，就13日某媒体发布的《河南村镇银行储户：追查钱款流向，发现南京银行是结算行》，新华网13日晚间与人民银行有关业务专家进行了求证。
中国人民银行南京分行营业管理部相关负责人表示，中国现代化支付体系是我国重要的金融基础设施，由中国人民银行组建，各清算机构和金融机构参与，包括中国人民银行组建运营的大额支付系统、小额支付系统、网上支付跨行清算系统、全国支票影像交换系统和境内外币支付系统等，是我国金融市场的核心支持系统，为全社会经济活动提供安全、稳定和便捷的支付清算服务。根据人民银行大额和小额支付系统业务处理办法等规定，对不能直接加入支付系统的中小银行机构，比如农村商行、村镇银行和外资银行等，中国人民银行批准其通过有资质的银行机构作为直接参与者（比如，南京银行）代理办理资金清算业务。
南京银行代理村镇银行资金清算业务是按照人民银行支付系统的相关规定办理的，有关资金清算服务合法合规，支付清算便捷、安全，运行稳定，与有关村镇银行案件没有任何关联。
目前，中国人民银行支付清算体系运行稳定，安全高效，流动性充足，能够很好地满足经济金融活动资金清算需要。