喜讯 | 贝瑞基因三代FXS临床研究成果重磅发布

　　近日，由贝瑞基因提供技术支持的三代FXS（脆性X综合征）临床回顾性研究成果——“Comprehensive analysis of fragile X syndrome: full characterization of the FMR1?locus by long-read sequencing （脆性X综合征的综合分析：长读长测序全面解析FMR1基因变异）”在检验医学领域排名第一的国际权威学术期刊 Clinical Chemistry (《临床化学》,IF=12.167)在线发表。这是贝瑞基因基于三代测序平台开发复杂基因变异疾病诊断新技术的又一次重大突破。

　　本次研究成果由湖南家辉遗传病专科医院、中南大学医学遗传学研究中心与贝瑞基因联合发表。家辉医院、中南大学医学遗传学研究中心邬玲仟、梁德生教授和贝瑞基因的毛爱平博士为这项研究的共同通讯作者。

　　

　　

　　由于脆性X综合征（Fragile X syndrome, FXS）变异类型繁多，且十分复杂，导致一直以来缺少一种全面、精准且高效的FXS基因检测手段。首先，由于(CGG)n超高GC含量的影响，一代测序和二代测序均无法有效检测，目前主要采用三重复引物 PCR 法（triple repeat–primed PCR,TP–PCR）和DNA印迹杂交法(Southern blot, SB)，但检测(CGG)n长度受限，且无法判断AGG打断的位置和数量，而AGG打断对患者预后判断和生育相关的遗传咨询至关重要。

　　其次，研究表明：12%-41%的FXS患者是嵌合体，外周血中的致病变异比例可能较低。因此，提高前突变及全突变低比例嵌合体的检测灵敏度和特异性对FXS携带者筛查及患者诊断尤为重要，而TP–PCR和SB由于平台的技术局限均很难实现低比例嵌合体的精准检测。

　　除此之外，FMR1基因内单核苷酸变异（SNVs）、短的插入或缺失（Indels）和微缺失，以及包含部分或整个FMR1基因座的大缺失也是5%左右的FXS的致病原因，而这些变异的检测由于需要结合多种不同的技术方法且成本高昂，长期以来没有有效的解决方法。

　　

　　为了实现FXS的全面、精准、高效的基因筛查及基因诊断，该课题组开发了一种长片段PCR（LR-PCR）与三代/单分子长读长测序结合的FXS综合分析（CAFXS）新技术，通过CAFXS一种方法，一次性实现了(CGG)n扩增、AGG打断、基因内SNVs、Indels、微缺失和基因大片段缺失等各种变异类型全覆盖，精准检测(CGG)n重复数和AGG打断的同时，实现了低至0.5%的前突变及全突变低比例嵌合体的高灵敏度、高特异性检测。通过对LR-PCR的DNA聚合酶、基因特异性引物和PCR添加剂以及退火温度（Tm）等实验条件的优化，获得对长片段、高GC区域的稳定、高效扩增，结合三代测序单分子实时测序、长读长等优势，使CAFXS的检测效率和精度远优于传统FXS分子检测方法。同时，CAFXS检测可实现筛诊一体，仅需微量样本即可完成检测，检测成本也已接近常规方法，为FXS精准防控及遗传咨询提供了强有力工具，具有广阔的临床应用前景。